Přestože mechanické vodoměry nabízejí mnoho výhod, mají také některá omezení:
1. Omezená přesnost: Přesnost mechanických vodoměrů závisí na průtoku vody a přesnosti jejich mechanických součástí. Při nízkém průtoku vody klesá přesnost mechanických vodoměrů.
2. Požadavek ručního odečtu: Mechanické vodoměry vyžadují ruční odečet, který vyžaduje čas a úsilí.
3. Žádná automatická správa: Vzhledem k tomu, že mechanické vodoměry nedokážou automaticky odečítat, není automatizovaná správa možná. Odečty měřidel musí být pro účely správy zaznamenávány ručně.